ECサイト（ネットショップ）制作で申請できる3つの補助金【2024年最新版】

「インターネットで商品を販売するサイトを作るときに申請できる補助金、助成金はどんなものがあるの？」
「ECサイト制作の補助金、助成金を申請できる条件は？」
「ECサイト制作で申請できる補助金、助成金はいくらくらい？」

この記事ではECサイト（ネットショップ）を構築する際に申請できる3つの補助金（小規模事業者持続金、IT導入補助金、事業再構築補助金）をご紹介します。

国の政策であるデジタル化推進によりECサイト制作に活用できる補助金は様々なものが準備されています。

申請できる補助額は補助金により大きな違いがあり、事業規模、事業の内容により検討が必要です。どの補助金が事業にあっているのか、どのくらいの補助額が見込めるのか、この記事を参考にご検討ください。

なお、本記事は情報の正確性を担保するため、株式会社MITOSの代表取締役社長、経営財務コンサルタントの水戸 脩平さんに記事の監修をしていただいています。

注意 この記事で紹介する補助金には審査があります。補助金の対象は複雑なので、よく記事をご覧になったうえで申請をしてください。

※ECサイト制作を検討している方はWeb幹事にご相談ください。目的や予算などから最適な制作会社をご紹介します。相談無料で、制作会社からの営業もありません。

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ECサイト制作で申請できる補助金、助成金

ECサイト（ネットショップ）制作で申請できる補助金は個人事業主、中小企業、中堅企業が対象です。ここでは、主に国が進める政策に対する補助金について解説します。地方自治体が実施している助成金も多数あり、全てはご紹介できませんので検索方法をページ下部にてご紹介します。

ECサイト制作で申請できる補助金は4種類

ECサイト構築で申請できる4つの補助金（小規模事業者持続金、IT導入補助金、ものづくり補助金、事業再構築補助金）の概要は以下となります。

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ECサイトの補助金①小規模事業者持続化補助金

出典：小規模事業者持続化補助金

「小規模事業者持続化補助金」は小規模事業者及び、一定の要件を満たす特定非営利活動法人を対象にした補助金です。

働き方改革や被用者保険の適用拡大、賃上げ、インボイス導入等、が行われる中、持続的な発展を後押しするため販路開拓や業務効率化（生産性向上）の取り組みを支援します。

この補助金の窓口は日本商工会議所となっており、地域の商工会議所、または商工会の支援を受けながら事業を実施する必要があります。

対象事業者

日本国内に所在する小規模事業者、個人事業主、又は日本国内に本店を有する法人で、以下の1~4の要件を全て満たす必要があります。

1.　小規模事業者であること

補助対象者の範囲

※出典：小規模事業者持続化補助金＜一般型＞公募要項　P5

2..資本金又は出資金が5億円以上の法人に直接又は間接（※）に100％の株式を保有されていないこと （法人のみ） 

3.確定している（申告済みの）直近過去３年分の「各年」又は「各事業年度」の課税所得の年平均額が 15億円を超えていないこと

4.過去10か月以内に下記①、②の本補助金の採択を受けて補助事業を実施していないこと
①「令和元年度補正予算 小規模事業者持続化補助金＜一般型＞」 
②「令和２年度第３次補正予算 小規模事業者持続化補助金＜低感染リスク型ビジネス枠＞」 

詳細な対象事業者の規定は、小規模事業者持続化補助金の公式サイトで確認してください。

補助対象事業者

小規模事業者持続化補助金の対象経費には、以下のものがあります。

• 機械装置経費
• 広報費
• ウェブサイト関連費
• 展示会等出店費
• 旅費、開発費
• 資料購入費
• 雑役務費
• 借料
• 設備処分費
• 委託
• 外注費

ただしECサイト（ネットショップ）構築で対象となる経費は、販路開拓を目的としたECサイトの構築、更新、改修、開発、運用にあたるウェブサイト関連費のみです。

ウェブサイト関連費の対象は、以下の通りです。

※出典：小規模事業者持続化補助金＜一般型＞公募要項　P14

ウェブサイトの作成や更新、インターネット広告・SEO対策などはウェブサイト関連費に含まれます。しかし、ウェブサイト関連のコンサルティング費用や補助事業期間中に公開まで至らなかった動画・ランディングページ作成費用は対象外です。

補助率・補助金額

小規模事業者持続化補助金の補助率・補助金額は、以下の通りです。

ウェブサイト関連費は、補助金交付申請額の1/4が上限となります。
補助金申請額が50万円の場合、ウェブサイト関連費として計上できるのは12.5万円までです。

また、ウェブサイト関連費のみによる申請はできない点に注意してください。

対象要件

補助金の交付を受けるためには、以下の要件すべてを満たす必要があります。

1. 策定した「経営計画」に基づいて実施する地道な販路開拓等あるいは、業務効率化（生産性向上）のための取り組みである
2. 商工会または商工会議所の支援を受けながら取り組む事業である
3. 国が助成する他の制度と重複しない事業である
4. 概ね1年以内に売上げにつながることが見込まれる事業である
5. 射幸心をそそったり、公の秩序もしくは善良の風俗を害したりする可能性がない事業である

商工会、商工会議所どちらの管轄になるかは、以下を参照ください。

出典：全国商工会連合会　

なお商工会議所、商工会の会員である必要はありません。詳しくは、市役所や区役所など在住地域の地方自治体に問いあわせてみてください。商工会議所の「小規模事業者持続化補助金」解説ページ
商工会の「小規模事業者持続化補助金」解説ページ

持続化補助金では、同一の補助事業（取組）について国の補助金を重複して受け取れません。
他の補助金を受給している、もしくは受給予定の方は補助金を受け取ることが可能か、双方の補助金事務局等にあらかじめ確認しましょう。

射幸心をそそる恐れがある、公の秩序や善良の風俗を害する恐れのある事業には、パチンコ店やゲームセンター店、性風俗関連などが例として挙げられます。事業内容がそのようなものである場合、補助金の交付は受けられないので注意してください。

申請スケジュール

公募要領公開：2024年5月8日（水）
申請受付開始：2024年5月8日（水）
申請受付締切：第11回：2024年5月27日（月）
事業支援計画書（様式4）発行の受付締切：原則2024年5月20日（月）
 参照資料：小規模事業者持続化補助金＜一般型＞第16回公募＿公募要領

今後の公募日程 今後の公募日程は、未だ公開されていません。最新情報を知りたい方は、小規模事業者持続化補助金の公式サイトを確認してください。

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ECサイト制作の補助金②IT導入補助金

画像引用：IT導入補助金2024

IT導入補助金はITツールを導入することにより、業務の効率化や売上アップを支援するための補助金です。ECサイト制作でIT導入補助金を申請する場合は、IT導入補助金事務局に登録されたITツールを組み込む必要があります。

IT導入補助金の申請枠には、「通常枠」「インボイス枠（インボイス対応類型・電子取引類型）」「複数社連携IT導入枠」「セキュリティ対策推進枠」の4つがあります。補助対象ツール・補助金額・補助対象経費などはそれぞれ異なるため、以下で確認していきましょう。

補助対象者

補助対象者は、中小企業・小規模事業者です。

中小企業・個人事業

中小企業・個人事業

対象事業

ECサイトに導入するITツールは、以下のような導入事例があります。

• 業務効率化に向けた問い合わせシステムへのチャットボットツールの導入
• 顧客情報の一元管理・予約・来店など行動履歴から集客や営業施策のツール導入
• EC決済サービスの導入
• 受発注管理ツールの導入
• 決済サービスの導入
• 予約サイトの一元管理システム導入 など

補助対象となるITツールの分類

補助の対象となるITツールは、大きく分けてソフトウェア・オプション・役務・ハードウェアの4つに分類されます。分類ごとの詳しい内容は、以下の通りです。

ITツールの要件

ITツールの要件は通常枠、インボイス枠（インボイス対応類型・電子取引類型）、複数社連携IT導入枠、セキュリティ対策推進枠で異なります。

通常枠

事前に登録された業務プロセスから、導入するITツールを選択し交付申請を行います。

また通常枠では、以下の表のように業務プロセスにより補助金額に違いが出るのが特徴です。

インボイス枠

インボイス枠は、電子取引類型かインボイス対応類型によって補助金額が異なります。

複数社連携IT導入枠

複数の中小企業や個人事業主が連携してITツールを導入することを支援します。会計・受発注・決済機能を持つソフトウェアやレジ・券売機などの導入はもちろん、参画事業者のとりまとめにかかる事務費・専門家費用なども補助されます。

セキュリティ対策推進枠

セキュリティ対策推進枠では、サイバー攻撃により事業継続困難のリスクや生産性向上の阻害リスクを低減させるための支援が行われます。

補助を受けられるのは「サイバーセキュリティお助け隊サービスリスト」のうち、IT導入事業者が提供かつ事務局に事前登録されているサービスです。

補助金額

補助金額は、申請枠により異なります。「会計」「受発注」「決済」「EC」の機能を有するソフトウェアでも、通常枠へ申請できますが、補助率は1/2以内となります。

※1会計・受発注・決済・ECのうち1機能以上
※2会計・受発注・決済・ECのうち2機能以上

※3インボイス制度に対応した受発注機能を有し、受注側が利用できる機能があるもの

申請手続き

IT導入補助金の申請前には、以下の3つを行います。

• gBizIDアカウントの取得
• みらデジ経営チェックの実施
• SECURITY ACTIONの宣言

IT導入補助金の申請を受け付けているのはWeb上のみであり、Web申請時にはgBizIDプライムアカウントの取得が必要です。

補助金申請前にはgBizIDホームページから、gBizIDプライムアカウントの取得手続きを進めましょう。gBizIDプライムアカウント発行までには2週間程度かかるため、手続きは早めに済ませることをおすすめします。

みらデジ経営チェックでは、いくつかの質問に回答することで自社の経営課題やデジタル化の進捗を把握できます。そのため、みらデジ経営チェックの利用にて今取り組むべきことを明確にすることが可能です。

SECURITY ACTIONは、情報セキュリティ対策への取り組みを企業自ら宣言する制度です。SECURITY ACTIONは、IT導入補助金の申請に必須な要素です。取り組み目標には、1つ星・2つ星の2種類があり2つ星のほうが審査に有利とされています。

申請前に必要な準備が完了したら、IT導入支援事業者と必要なITツールを選択しましょう。IT導入支援事業者とは、各種申請、手続きのサポートを行う事業者です。まず、登録されたIT導入支援事業者を選びます。次に、選択した事業者が提供するITツールから必要なものを選び申請を進めましょう。

申請スケジュール

2024年の申請スケジュールは、以下の通りです。確実に受け取られるよう、スケジュールに余裕を持って申請手続きを済ませましょう。

【通常枠】
5次締切日：2024年7月19日（金）17:00
6次締切日：2024年8月23日（金）17:00

【インボイス枠（インボイス対応類型）】
9次締切日：2024年7月19日（金）17:00
10次締切日：2024年8月2日（金）17:00
11次締切日：2024年8月23日（金）17:00

【インボイス枠（電子取引類型）】
5次締切日：2024年7月19日（金）17:00
6次締切日：2024年8月23日（金）17:00

【セキュリティ対策推進枠】
5次締切日：2024年7月19日（金）17:00
6次締切日：2024年8月23日（金）17:00

【複数社連携IT導入枠】
3次締切日：2024年8月23日（金）17:00

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ECサイト制作の補助③金事業再構築補助金

画像引用：事業再構築補助金事務局ホームページ

事業再構築補助金は、長期化する経済の低迷、社会の変化に対応するための補助金です。新分野への事業展開、業態、業種の転換など事業再編に挑戦する中小企業を支援します。

補助上限額は1,000万円～5億円までと本記事内で紹介する補助金の中では、補助金限度額が最も高く設定されています。申請には認定経営革新等支援機関や金融機関などに事業計画の確認を受ける必要があります。

補助対象要件 

事業再構築補助金では、以下の基本要件を満たす必要があります。

• 事業再構築指針に示されている「事業再構築」の定義に該当する事業
• 事業計画を金融機関や認定経営革新等支援機関の確認を受けていること
• 補助事業終了後、3～5年で付加価値額の年平均成長率3～5%以上増加もしくは従業員1人あた付加価値額の年平均成長率3～5%以上増加

事業再構築指針にある事業再構築は、新分野展開、 事業・業種転換、事業再編、国内回帰または地域サプライチェーン維持・強靭化を指します。

新分野展開とは、新たに商品を作るなどして新しい市場へ進出することです。国内回帰は、海外で製造・調達している製品の国内生産拠点を整備することを示しています。

地域サプライチェーンとは、個別の経済活動が相互に強い影響を及ぼし合う企業群のことです。国内外の情勢変化でサプライチェーン崩壊の危機に立たされている産業も増加しているため、地域サプライチェーンの強靭化は重要なポイントとされています。

対象事業

事業再構築補助金は6つの対象事業があります。

参考：令和6年5月 経済産業省 中小企業庁「事業再構築補助金 第12回公募の概要」

事業再構築の類型

事業再構築補助金の対象事業に該当していれば、補助金を受け取れるわけではありません。補助金を受け取るには、以下6つの類型のいずれかに該当する必要があります。

• 新市場進出
• 事業転換
• 業種転換
• 事業再編
• 国内回帰
• 地域サプライチェーン維持・強靭化

各項目の意味を以下にまとめます。

参考：経済産業省 中小企業庁「事業再構築指針 令和6年改訂版」

事業再構築補助金の申請について不明点がある場合は、事務局コールセンターへの問い合わせがおすすめです。事務局コールセンターでは、現在コールバック予約システムを採用しています。事務局コールセンターにある予約システムにて、希望の相談日時を選択し連絡先を入力しましょう。

その後、入力した日時に事務局コールセンターから連絡が入ります。そのため、予約日時は忘れずに覚えておくことが大切です。

補助対象者

補助事業の対象事業者は日本国内に本社を有する中小企業、及び中堅企業となります。
中小企業、中堅企業はそれぞれ資本金、従業員数に規定があります。

※対象となる法人格についてはこちら＞＞
詳しくは募集要項をご確認ください。

補助率

6つの枠の補助率、上限金額は以下の通りです。

参照：経済産業省 中小企業庁「事業再構築補助金 第12回公募の概要」

【認定支援機関要件】について

応募申請には「認定経営革新等支援機関」の支援を受け事業計画書をまとめ「認定経営革新等支援機関による確認書」を策定します。

また、補助金額が3,000万円を超える事業計画は、金融機関及び認定経営革新等支援機関と共同で策定する必要があります。

認定経営革新等支援機関

申請スケジュール

以下は、第11回公募スケジュールです。

公募開始：令和6年4月23日（火）
応募締切：令和6年7月26日（金）18時

申請は、電子申請システムでのみ受け付けています。期日間近には申請が集中し手続きが滞る可能性があるため、早めに申請するとよいでしょう。

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ECサイト制作の補助金④ものづくり補助金

出典：ものづくり補助金総合サイト

ものづくり補助金とは、革新的製品やサービスの開発や生産プロセスなどの省力化に向けた設備投資・システム構築を支援するための補助金です。

補助金を受け取るためには、基本要件を満たす必要があります。基本要件は、以下の3つを含めた3～5年の事業計画を策定していることです。

• 事業者全体の付加価値額を年平均成長率3%以上増加
• 給与支給総額を年平均成長率1.5%以上増加
• 事業場内最低賃金を地域別最低賃金＋30円以上の水準にする

付加価値額とは、営業利益・人件費・減価償却費を合計した金額のこと。給与支給総額には、全従業員・役員に支払った給与・賃金・賞与・役員報酬が含まれます。

対象事業

補助金の申請枠には、以下の4つがあります。

補助金額・補助率

補助上限額・補助率は、類型・事業規模により異なります。

製品・サービス高付加価値化枠（成長分野進出類型）とグローバル枠では、従業員数にかかわらず補助上限額は3,000万円となります。

補助対象の経費

補助対象となる経費は、以下の通りです。

どの枠でも経費として計上できるのは、機械装置・システム構築費やクラウドサービス利用料、外注費など。グローバル枠のみ共通の経費に加えて、海外旅費や通訳・翻訳費、広告宣伝・販売促進費を計上できます。

申請スケジュール

ものづくり補助金の2024年度の公募は、終了しています。次回の公募期間は公表されていません。最新情報を知りたい方は、ものづくり補助金総合サイトを確認してください。

ECサイト制作に活用できる地方自治体の助成金もある

画像出典：ミラサポPlus

最後に、地方自治体で行っている助成事業を確認してみましょう。

たとえば、東京都には「ゼロエミッション推進に向けた事業転換支援事業（ゼロエミッション販路拡大助成金）」という補助金が用意されています。

東京都内の本店、もしくは支店で1年以上事業活動を行っている中小企業が対象です。ECサイト出店初期登録料やWebサイト制作・改修費、広告費など、販路拡大に向けて必要な活動に対して支援してもらえます。

助成金の上限額は150万円、助成率は2/3以内です。

上記以外にも、全国にはさまざまな補助金・助成金事業を実施している自治体・団体があります。全国の自治体・団体が実施している補助金・助成金事業は、「ミラサポplus」
「J-Net21 支援情報ヘッドライン」で調べることが可能です。

ミラサポplus：　補助金の目的により検索できます。
J-Net21　支援情報ヘッドライン：全国自治体の補助金・助成金を検索できます。

ミラサポplusやJ-Net21　支援情報ヘッドラインを利用しながら、自社に合う補助金を探してみましょう。

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補助金の申請の流れ

補助金が給付されるまでの流れもご説明します。

1.補助金を探す：　国、自治体により様々な補助金が実施されています。
ミラサポplus

2.申請書の作成：　補助金の公募要項をよく読み、申請書を作成します。申請書の作成は相談窓口があります。
認定支援機関検索
よろず支援拠点　　　

3.gBizID登録：　GビズID取得、電子申請が必要な場合は登録します。登録完了に2～3週間ほど時間が要する場合があるため、デジタル申請を予定している方は早めにgBizIDの申請を進めておきましょう。
gBizID

4.申請：電子申請又は、郵送で申請書を提出します。

5.採択：採択された場合は交付申請を行います。

6.事業の実施：事業を開始。領収書や書類は保管しておきます。

7.事業報告：事業報告書、請求書等を提出します。

8.補助金の交付：事業内容、経費の確認が行われ、承認されると給付金が支払われます。

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補助金・助成金の留意点

補助金や助成金（地方自治体の補助金を指す）は返済が必要のない持続化給付金として魅力がありますが、いくつか留意点があります。補助金、助成金を活用した事業展開を検討する前には確認しておきましょう。

申請しても採択されるとは限らない

補助金は、申請すると全ての事業が採択されるものではありません。補助金に与えられた予算があるため、募集枠に対しての応募数等により採択率が変わります。各施策や募集期により変動があり、予測が難しい点もあります。

また、募集に関して加点される施策や条件などもあります。中小企業診断士をはじめとした士業、コンサルティング会社など専門的にサポートを行っているスペシャリストに相談し、よで採択される申請書を準備しましょう。

申請書の事前準備が重要

補助金は、申請すれば誰でももらえるわけではありません。補助金の申請要件を満たす事業であることに加え、事業計画書などの書類提出が必要です。公募書類と照らし合わせ、自社の事業が補助金の申請要件に該当しているか確認しましょう。

申請時に提出する書類は、補助金交付を決める重要なカギを握ります。加点項目が公開されている補助金もあるため、公募資料をよく確認して審査に有利に働くような書類を作成しましょう。

実績報告後に支給されるケースが多い

ECサイト構築に活用できる補助金は、事業を実施したあとに支給されるケースが多いです。事業の実施は、ITツールの発注・契約・支払いまでが該当します。

そのため、補助金の交付前にECサイト構築にかかる費用は一旦自社で全額負担する必要があります。補助金が支給される前提でECサイトの構築を開始すると、途中で資金が底をつく可能性も。

補助金がなくても資金に余裕のある状態で、ECサイト構築を始めるようにしましょう。

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ECサイト制作は補助金を上手に活用しよう

ECサイト（ネットショップ）構築は、国のデジタル化政策に後押しされ補助金の支援が受けやすいと言われている事業です。事業をスタートする際には、資金調達の計画をしっかりと立てたうえで補助金の給付を視野に入れて検討してみましょう。

補助金の交付を受けられるかどうかは、申請書の内容が大きなカギを握ります。申請書の作成時には、公募資料をよく確認し審査に通りやすいような書類を作成することが大切です。

必要であれば、中小企業診断士などの専門の方に依頼するのもよいでしょう。
国や自治体が用意する補助金を上手に活用して、ECサイトの構築にかかる費用で抑えましょう。

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